課題驗收時，如果第三方檢測結(jié)果不合格，應當采取以下措施：

1. **分析原因**：首先，需要對檢測不合格的原因進行詳細分析。這可能涉及到課題研究過程中的技術(shù)問題、操作失誤、設(shè)備問題、環(huán)境因素等。分析原因有助于確定后續(xù)的改進措施。

2. **及時溝通**：與驗收機構(gòu)和項目管理專業(yè)機構(gòu)進行及時溝通，了解具體的不合格項和驗收標準，同時報告課題組的分析結(jié)果和初步整改計劃。

3. **制定整改計劃**：根據(jù)不合格的原因，制定詳細的整改措施和計劃。這可能包括技術(shù)改進、流程優(yōu)化、設(shè)備維護、人員培訓等。

4. **實施整改**：按照整改計劃，采取有效措施進行整改。在整改過程中，應確保所有措施得到充分執(zhí)行，并記錄整改活動的詳細情況。

5. **再次檢測**：整改完成后，需要重新進行第三方檢測，以驗證整改措施的有效性。確保所有不合格項都已經(jīng)得到妥善解決。

6. **提交補充材料**：如果整改后再次檢測合格，應及時向驗收機構(gòu)提交補充材料，包括整改報告、新的檢測報告等，以便進行最終驗收。

7. **驗收評審**：在整改和補充檢測合格后，課題組應參與驗收評審，詳細說明整改過程和結(jié)果，以及采取的措施如何確保課題目標的實現(xiàn)。

8. **記錄和歸檔**：無論最終結(jié)果如何，都應將整個不合格處理過程進行記錄和歸檔，包括檢測報告、溝通記錄、整改計劃和實施記錄等，以備后續(xù)查閱和評估。

9. **總結(jié)經(jīng)驗**：課題組應從不合格的事件中總結(jié)經(jīng)驗教訓，分析問題發(fā)生的根源，完善課題研究和管理流程，防止類似問題再次發(fā)生。

10. **遵守規(guī)定**：在整個處理過程中，應嚴格遵守科研項目管理的相關(guān)規(guī)定和標準，確保所有活動合法合規(guī)。

請注意，具體的處理流程和措施可能需要根據(jù)項目管理機構(gòu)的具體要求和課題研究的實際情況進行調(diào)整。在處理不合格情況時，應保持積極的態(tài)度，主動解決問題，并與相關(guān)方保持良好的溝通。